Disable XML Entity resolviendo en JDOM / DOM

Estoy escribiendo una aplicación Java para el postprocesamiento de archivos XML. Estos archivos xml provienen de una exportación RDF de un Mediawiki semántico, por lo que tienen una sintaxis rdf / xml.

Mi problema es el siguiente: cuando leo el archivo xml, todas las entidades del archivo se resuelven a su valor especificado en Doctype. Por ejemplo, en Doctype tengo

<!DOCTYPE rdf:RDF[
<!ENTITY wiki 'http://example.org/smartgrid/index.php/Special:URIResolver/'>
..
]>

y en el elemento raíz

<rdf:RDF
xmlns:wiki="&wiki;"
..
>

Esto signific

<swivt:Subject rdf:about="&wiki;Main_Page">

se convierte en

<swivt:Subject rdf:about="http://example.org/smartgrid/index.php/Special:URIResolver/Main_Page">

He intentado usar JDOM y el Java DOM estándar. El código que creo que es relevante aquí es para DOM estándar:

DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
        factory.setExpandEntityReferences(false);
        factory.setFeature("http://apache.org/xml/features/nonvalidating/load-external-dtd", false);

y para JDOM

SAXBuilder builder = new SAXBuilder();
    builder.setExpandEntities(false); //Retain Entities
    builder.setValidation(false);
    builder.setFeature("http://xml.org/sax/features/resolve-dtd-uris", false);

Pero las entidades se resuelven a lo largo de todo el documento xml. ¿Me estoy perdiendo de algo? Horas de búsqueda solo me han llevado a los comandos 'ExpandEntities', pero no parecen funcionar.

Cualquier sugerencia es muy apreciada

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