Estructuración de la documentación de Sphinx

He comenzado a documentar un proyecto de Python con Sphinx. Es la primera vez que lo uso: estoy acostumbrado a herramientas que funcionan con una sintaxis similar a JavaDoc, y tengo algunas dudas.

Dado que quiero que la documentación aparezca cerca del código, utilizo la.. automodule::, .. autoclass:: y.. automethod:: directivas. Entonces la estructura de mi documentación es la siguiente:index.rst contiene el TOC y

.. automodule:: my_main_package

y luego el nivel superior__init__.py contiene directivas como

.. automodule:: some_subpackage

para cada subpaquete, etc. Finalmente cada módulo contiene directivas

.. autoclass:: some_class
    :members:

para cada clase en el módulo.

Esto funciona principalmente, pero lo que obtengo es una documentación de una sola página, con la cual es un poco extraño trabajar.

¿Cómo debo organizar mi documentación para obtener un árbol de archivos con hipervínculos? Es decir, el paquete principal debe contener su propia documentación y enlaces a cada uno de sus subpaquetes, etc., hasta que cada módulo tenga su propia página.

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