¿Dos repositorios git en un directorio?

¿Es posible tener 2 repositorios git en un directorio? Pensaría que no, pero pensé en preguntar. Básicamente, me gustaría revisar los archivos de configuración de mi directorio personal (por ejemplo, .emacs) que deberían ser comunes en todas las máquinas en las que trabajo, pero que tienen un segundo repositorio para archivos locales (por ejemplo, .emacs.local), que contiene configuraciones específicas de la máquina. La única forma en que se me ocurre hacer eso es tener la configuración local en un subdirectorio e ignorar ese subdirectorio del repositorio principal de git. ¿Alguna otra idea?

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