tengo esto<intent-filter> que cada vez que se presiona cierto enlace abre mi aplicación pero el problema es que abre unnuevo instancia de mi aplicación¿Hay alguna forma de activar onResume () y simplemente reanudar mi aplicación sin perder su estado o la pila de actividades?

Este es el filtro de intención:

        <intent-filter>
            <data android:scheme="http" />
            <data android:scheme="https" />
            <data android:host="example.com" />
            <data android:pathPattern="/.*" />

            <action android:name="android.intent.action.VIEW" />

            <category android:name="android.intent.category.DEFAULT" />
            <category android:name="android.intent.category.BROWSABLE" />
        </intent-filter>

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Gracias a la respuesta del usuario David Wasser a continuación, encontré la respuesta:

Así que creé EntryActivity que se lanzó sobre la aplicación gmail / inbox:

public class EntryActivity extends Activity {

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.entry_activity);

        Uri uriParams = getIntent().getData();

        Log.e("EntryActivity", uriParams.getHost() );
        Log.e("EntryActivity", uriParams.getQueryParameter("uid") + " " + uriParams.getQueryParameter("type") + " " + uriParams.getQueryParameter("token") );


        Intent startCategory = new Intent(this, GotEmailActivity.class);
        startCategory.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK);
        startActivity(startCategory);
        this.finish();
    }

}

Luego, cuando mi aplicación se abre en GotEmailActivity, envío un correo electrónico al usuario con un enlace para abrir la aplicación y GotEmailActivity tiene un atributoandroid:launchMode="singleTop" en AndroidManifest, por lo que solo se abre 1 instancia:

    <!-- 
        Important: notice android:launchMode="singleTop"
        which seeks if an instance of this activity is already opened and
        resumes already opened instance, if not it opens new instance.
     -->
    <activity
        android:name=".presenters.register.email.GotEmailActivity"
        android:label="@string/title_activity_got_email"
        android:launchMode="singleTop" 
        android:theme="@android:style/Theme.Translucent.NoTitleBar" >

Ahora, lo que está sucediendo es que EntryActivity se abre sobre la aplicación de Gmail, pero se cierra de inmediato, pero primero lanza GotEmailActivity, que ya está abierto, por lo que el atributo launchMode Singletop evita una nueva instancia de dicha actividad.