eu tenho isto<intent-filter> que toda vez que um link é pressionado, ele abre meu aplicativo, mas o problema é que ele abre umNovo instância do meu aplicativo.Existe alguma maneira de acionar onResume () e apenas retomar meu aplicativo sem perder o estado ou a pilha de atividades?

Este é o filtro de intenção:

        <intent-filter>
            <data android:scheme="http" />
            <data android:scheme="https" />
            <data android:host="example.com" />
            <data android:pathPattern="/.*" />

            <action android:name="android.intent.action.VIEW" />

            <category android:name="android.intent.category.DEFAULT" />
            <category android:name="android.intent.category.BROWSABLE" />
        </intent-filter>

Atualizar

Graças ao usuário David Wasser, resposta abaixo, encontrei a resposta:

Então, criei o EntryActivity, que é lançado no topo do aplicativo gmail / caixa de entrada:

public class EntryActivity extends Activity {

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.entry_activity);

        Uri uriParams = getIntent().getData();

        Log.e("EntryActivity", uriParams.getHost() );
        Log.e("EntryActivity", uriParams.getQueryParameter("uid") + " " + uriParams.getQueryParameter("type") + " " + uriParams.getQueryParameter("token") );


        Intent startCategory = new Intent(this, GotEmailActivity.class);
        startCategory.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK);
        startActivity(startCategory);
        this.finish();
    }

}

Em seguida, quando meu aplicativo é aberto em GotEmailActivity, envio um email para o usuário com o link para abrir o aplicativo e GotEmailActivity tem o atributoandroid:launchMode="singleTop" no AndroidManifest, portanto, apenas 1 instância é aberta:

    <!-- 
        Important: notice android:launchMode="singleTop"
        which seeks if an instance of this activity is already opened and
        resumes already opened instance, if not it opens new instance.
     -->
    <activity
        android:name=".presenters.register.email.GotEmailActivity"
        android:label="@string/title_activity_got_email"
        android:launchMode="singleTop" 
        android:theme="@android:style/Theme.Translucent.NoTitleBar" >

Agora, o que está acontecendo é que o EntryActivity é aberto no topo do aplicativo Gmail, mas é fechado imediatamente, mas inicia o GotEmailActivity, que já está aberto, para que o atributo launchMode Singletop impeça uma nova instância dessa atividade.