Intenté cambiar los estilos en el botón de menú. Podría cambiar el estilo del botón de menú pero no su elemento de menú. No importa lo que intente, el elemento del menú dentro del botón de menú permanece sin cambios.

.menu-button {
 -fx-background-color:black;
}

.menu-button .label {
 -fx-background-color:black; }

Ahora, ¿cómo puedo cambiar el color que queda fuera?