Transcodificación de MJPEG a FLV o MP4

Quiero transcodificar la transmisión MJPEG que proviene de la cámara IP (http://xx.yy.zz.tt:8080/video.cgi) a FLV o MP4 en Linux OS para que los usuarios puedan reproducir el archivo utilizando un reproductor Flash basado en web comoFlowplayer.

Descubrí VLC para ese propósito, pero no puedo entender la cadena de línea de comando exacta. También necesito la función de autenticación HTTP ya que el acceso a la cámara IP está protegido por contraseña.

También me interesó cualquier solución que no sea VLC, si la hay (ffmpeg?).