Transcodificação de MJPEG para FLV ou MP4

Quero transcodificar o fluxo MJPEG que vem da câmera IP (http://xx.yy.zz.tt:8080/video.cgi) para fluxo FLV ou MP4 no sistema operacional Linux, para que os usuários possam reproduzir o arquivo usando um Flash player baseado na Web, comoFlowplayer.

Descobri o VLC para esse fim, mas não consigo descobrir a seqüência exata da linha de comando. Também preciso do recurso de autenticação HTTP, pois o acesso à câmera IP é protegido por senha.

Também estou interessado em qualquer solução não-VLC, se houver (ffmpeg?).