Puedo crear jstree usando un formato JSON alternativo como se muestra a continuación:

$('#using_json_2').jstree({ 'core' : {
'data' : [
   { "id" : "ajson1", "parent" : "#", "text" : "Simple root node" },
   { "id" : "ajson2", "parent" : "#", "text" : "Root node 2" },
   { "id" : "ajson3", "parent" : "ajson2", "text" : "Child 1" },
   { "id" : "ajson4", "parent" : "ajson2", "text" : "Child 2" },
]
} });

Pero es bastante estático. Quiero que sea dinámico; en el sentido de que, el número de filas podría ser variable y las propiedades de fila para leerse desde una matriz. No quiero usar ajax ya que los datos ya están disponibles en la matriz.