¿Por qué crear una aplicación separada para API RESTful?

En la guía para Yii 2 se dice:

Si bien no es obligatorio, se recomienda que desarrolle sus API RESTful como una aplicación separada, diferente de su front-end web y back-end para un mantenimiento más fácil.

Fuente:Servicios web RESTful - Inicio rápido

¿Qué significa esto? ¿Sería una aplicación completamente diferente o puede estar en la misma carpeta que la aplicación web 'normal'? Acabo de comenzar con mi aplicación para poder cambiar las cosas fácilmente, más o menos. Pero me pregunto: si crearía otra aplicación que no fuera accesible mi lógica de negocios.

¿Por qué y cómo debo crear otra aplicación? ¿Y cuándo no es obligatorio?

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