No guia para o Yii 2 diz-se:

Embora não seja obrigatório, é recomendável que você desenvolva suas APIs RESTful como um aplicativo separado, diferente do front-end e back-end da Web para facilitar a manutenção.

Fonte:Serviços Web RESTful - Início Rápido

O que isto significa? Seria um aplicativo completamente diferente ou pode estar na mesma pasta que o aplicativo da Web 'normal'? Acabei de começar com meu aplicativo para poder mudar as coisas facilmente, mais ou menos. Mas estou me perguntando: se eu criaria outro aplicativo, minha lógica de negócios não estaria acessível.

Por que e como devo criar outro aplicativo? E quando não é necessário?