Cambios sin clasificar inmediatamente después de la clonación en Eclipse

Estoy usando Atlassian Stash y el complemento Git para Eclipse Kepler, y estoy tratando de clonar un repositorio. Tan pronto como lo termino, termino inmediatamente con N cambios sin etapas, donde N varía cada vez que lo intento. Cuando trato de comparar los dos archivos que aparentemente son diferentes, no hay un solo cambio. Supongo que puede haber algunas diferencias entre los metadatos de los archivos, pero como no puedo encontrar qué ha cambiado exactamente, tampoco quiero confirmar / enviar los archivos. Como dije, la cantidad de archivos que han cambiado es completamente aleatoria, y el tipo de archivos que han cambiado también es bastante aleatorio. (.project, .java, .groovy, + más).

He echado un vistazo aesta pregunta, esta preguntayesta pregunta pero ninguno de ellos resolvió mi pregunta.

¿Alguna idea de por qué sucede esto?

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