Mudanças não faseadas imediatamente após a clonagem no Eclipse

Estou usando o Atlassian Stash, e o plug-in Git para o Eclipse Kepler, e estou tentando clonar um repositório. Assim que eu o concluo, acabo imediatamente com N alterações sem etapas, em que N varia toda vez que eu tento. Quando tento comparar os dois arquivos aparentemente diferentes, não há uma única alteração. Acho que pode haver algumas diferenças entre os metadados dos arquivos, mas como não consigo encontrar exatamente o que mudou, não quero confirmar / enviar os arquivos também. Como eu disse, o número de arquivos que foram alterados é completamente aleatório, e o tipo de arquivos que foram alterados também são bastante aleatórios. (.projeto, .java, .groovy, + mais).

Eu dei uma olhadaessa questão, essa questãoeessa questão mas nenhum deles resolveu minha pergunta.

Alguma idéia de por que isso acontece?

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