Estoy instalando numpy / scipy / scikit-learn en OS X 10.9.4, y obtengo errores sobre "el tamaño de numpy.dtype cambiado, puede indicar incompatibilidad binaria".

Esto es lo que hice para construir el repositorio:

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

Aquí hay un extracto de rastreo de una advertencia relevante (convertida en un error porque usamoswarnings.simplefilter('error') al comienzo de nuestras pruebas):

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

Me han dicho que esta advertencia se debe a que scipy se compila en una versión diferente de numpy que la instalada. Sin embargo, los instalé todos con pip en lo que pensé que era una forma bastante estándar, por lo que no debería ser un problema, creo.

Extrañamente, aunque ejecuta todo nuestro conjunto de pruebas en su conjunto (a través depython -m unittest discover) da estos errores, ejecutando las pruebas individuales (a través depython -m unittest <module>) funciona bien.

Según las pruebas, aquí hay información relevante sobre la versión:

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

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