Tengo esta estructura en mi aplicación:

|-App
|
|-functions
|
|-ui
|--ui.py
|    
|images
|
|main.py

Tengo una carpeta de funciones con algunos scripts y una carpeta ui con el código generado por PyQt en el archivo ui.py.

y un archivo main.py que carga ui.py para mostrar la interfaz y ui.py carga algunas imágenes de la carpeta "images" en la raíz.

si ejecuto mi script directamente en python (doble clic en el archivo main.py), las imágenes no se mostrarán ...

Pero si uso el terminal con "python main.py", las imágenes se muestran correctamente.

Las referencias en ui.py son como:

icon.addPixmap(QtGui.QPixmap(_fromUtf8("images/flags/MXN.png"))