Del documento de referencia de primavera

Spring recomienda que solo anote clases concretas (y métodos de clases concretas) con la anotación @Transactional, a diferencia de las interfaces de anotación. Ciertamente, puede colocar la anotación @Transactional en una interfaz (o un método de interfaz), pero esto funciona solo como lo esperaría si está utilizando proxies basados en interfaz. El hecho de que las anotaciones de Java no se hereden de las interfaces significa que si está utilizando proxies basados en clases (proxy-target-class = "true") o el aspecto basado en el tejido (mode = "Aspectj"), entonces la configuración de la transacción es no reconocido por la infraestructura de proxy y de tejido, y el objeto no estará envuelto en un proxy transaccional, lo que sería definitivamente malo.

Aunque solo habla de interfaces, las clases abstractas también se consideran no concretas.

Entonces si tengo una clase abstracta

public abstract class BaseService{
//here is a concrete method
@Transactional
public void updateData{
//do stuff using dao layer
}

y una clase concreta que extiende la clase

public class SpecialService extends BaseService{
//body of class
}

Ahora si llamospecialService.updateData() desde mi clase de controlador ¿será transaccional?