Convierta el proyecto netbeans con bases de datos integradas en un programa Java independiente

Tengo un programa Java muy complejo escrito con net beans 7.1. Consiste en 1 archivo .java que tiene un main () y más de 25 archivos .java compatibles (más utilizados para rutinas dentro de las pestañas). Además, hay 15 bases de datos diferentes (incrustadas) asociadas a él. El programa está virtualmente completo y necesito exportar este proyecto a una aplicación Java independiente (incluidas las bases de datos) que es completamente independiente de los beans de red y puede ejecutarse en cualquier sistema que admita Java. Está pensado para ser una aplicación de escritorio, no un programa basado en la web.

Soy un programador bastante experimentado, sin embargo, este es mi primer intento de escribir programas en java. Si pudiera obtener enlaces que pudieran proporcionar procedimientos paso a paso y / o ejemplos que serían de mayor ayuda. O incluso mejor si hay aplicaciones de software que tomarían el código de net beans y generarían un programa ejecutable.

Cualquier ayuda o consejo será muy apreciado.

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