Estoy luchando con un algoritmo de "encontrar supersecuencia".

La entrada es para conjunto de cadenas.

String A = "caagccacctacatca";
String B = "cgagccatccgtaaagttg";
String C = "agaacctgctaaatgctaga";

el resultado sería un conjunto de cadenas correctamente alineado (y el siguiente paso debería combinarse)

String E = "ca ag cca  cc ta    cat  c a";
String F = "c gag ccat ccgtaaa g  tt  g";
String G = " aga acc tgc  taaatgc t a ga";

Gracias por cualquier consejo (estoy sentado en esta tarea por más de un día)

después de fusionar la supercuerdas sería

cagagaccatgccgtaaatgcattacga

La definición de supersecuencia en "este caso" sería algo así como

La cadena R está contenida en supersecuencia S si, y solo si todos los caracteres en una cadena R están presentes en supersecuencia, en el orden en que aparecen en la secuencia de entrada R.

La "solución" que probé (y nuevamente es la forma incorrecta de hacerlo) es:

public class Solution4
{
    static  boolean[][] map = null;
    static int size = 0;

    public static void main(String[] args)
    {
        String A = "caagccacctacatca";
        String B = "cgagccatccgtaaagttg";
        String C = "agaacctgctaaatgctaga";

        Stack data = new Stack();
        data.push(A);
        data.push(B);
        data.push(C);


        Stack clone1 = data.clone();
        Stack clone2 = data.clone();

        int length  =  26;
        size        =  max_size(data);

        System.out.println(size+" "+length);
        map = new boolean[26][size];

        char[] result = new char[size];

        HashSet<String> chunks = new HashSet<String>();
        while(!clone1.isEmpty())
        {
            String a = clone1.pop();

            char[] residue = make_residue(a);

            System.out.println("---");
            System.out.println("OLD     : "+a);
            System.out.println("RESIDUE : "+String.valueOf(residue));


            String[] r = String.valueOf(residue).split(" ");

            for(int i=0; i<r.length; i++)
            {
                if(r[i].equals(" ")) continue;
                //chunks.add(spaces.substring(0,i)+r[i]);
                chunks.add(r[i]);
            }
        }

        for(String chunk : chunks)
        {
            System.out.println("CHUNK   : "+chunk);
        }
    }

    static char[] make_residue(String candidate)
    {
        char[] result = new char[size];
        for(int i=0; i<candidate.length(); i++)
        {
            int pos = find_position_for(candidate.charAt(i),i);
            for(int j=i; j<pos; j++) result[j]=' ';
            if(pos==-1) result[candidate.length()-1] = candidate.charAt(i);
            else        result[pos] = candidate.charAt(i);
        }
        return result;
    }

    static int find_position_for(char character, int offset)
    {
        character-=((int)'a');

        for(int i=offset; i<size; i++)
        {
        //  System.out.println("checking "+String.valueOf((char)(character+((int)'a')))+" at "+i);
            if(!map[character][i])
            {
                map[character][i]=true;
                return i;
            }
        }
        return -1;
    }

    static String move_right(String a, int from)
    {
        return a.substring(0, from)+" "+a.substring(from);  
    }


    static boolean taken(int character, int position)
    { return map[character][position]; }

    static void take(char character, int position)
    {
        //System.out.println("taking "+String.valueOf(character)+" at "+position+" (char_index-"+(character-((int)'a'))+")");
        map[character-((int)'a')][position]=true;
    }

    static int max_size(Stack stack)
    {
        int max=0;
        while(!stack.isEmpty())
        {
            String s = stack.pop();
            if(s.length()>max) max=s.length();
        }

        return max;
    }

}