Я борюсь с алгоритмом "найти суперпоследовательность".

Ввод для набора строк

String A = "caagccacctacatca";
String B = "cgagccatccgtaaagttg";
String C = "agaacctgctaaatgctaga";

результат будет правильно выровнен набор строк (и следующий шаг должен быть слияния)

String E = "ca ag cca  cc ta    cat  c a";
String F = "c gag ccat ccgtaaa g  tt  g";
String G = " aga acc tgc  taaatgc t a ga";

Спасибо за любой совет (сижу на этом задании больше суток)

после слияния суперструна будет

cagagaccatgccgtaaatgcattacga

Определение суперпоследовательности в «этом случае» будет что-то вроде

Строка R содержится в суперпоследовательности S тогда и только тогда, когда все символы в строке R присутствуют в суперпоследовательности S в том порядке, в котором они встречаются во входной последовательности R.

«Решение», которое я попробовал (и опять-таки это неправильный способ сделать это):

public class Solution4
{
    static  boolean[][] map = null;
    static int size = 0;

    public static void main(String[] args)
    {
        String A = "caagccacctacatca";
        String B = "cgagccatccgtaaagttg";
        String C = "agaacctgctaaatgctaga";

        Stack data = new Stack();
        data.push(A);
        data.push(B);
        data.push(C);


        Stack clone1 = data.clone();
        Stack clone2 = data.clone();

        int length  =  26;
        size        =  max_size(data);

        System.out.println(size+" "+length);
        map = new boolean[26][size];

        char[] result = new char[size];

        HashSet<String> chunks = new HashSet<String>();
        while(!clone1.isEmpty())
        {
            String a = clone1.pop();

            char[] residue = make_residue(a);

            System.out.println("---");
            System.out.println("OLD     : "+a);
            System.out.println("RESIDUE : "+String.valueOf(residue));


            String[] r = String.valueOf(residue).split(" ");

            for(int i=0; i<r.length; i++)
            {
                if(r[i].equals(" ")) continue;
                //chunks.add(spaces.substring(0,i)+r[i]);
                chunks.add(r[i]);
            }
        }

        for(String chunk : chunks)
        {
            System.out.println("CHUNK   : "+chunk);
        }
    }

    static char[] make_residue(String candidate)
    {
        char[] result = new char[size];
        for(int i=0; i<candidate.length(); i++)
        {
            int pos = find_position_for(candidate.charAt(i),i);
            for(int j=i; j<pos; j++) result[j]=' ';
            if(pos==-1) result[candidate.length()-1] = candidate.charAt(i);
            else        result[pos] = candidate.charAt(i);
        }
        return result;
    }

    static int find_position_for(char character, int offset)
    {
        character-=((int)'a');

        for(int i=offset; i<size; i++)
        {
        //  System.out.println("checking "+String.valueOf((char)(character+((int)'a')))+" at "+i);
            if(!map[character][i])
            {
                map[character][i]=true;
                return i;
            }
        }
        return -1;
    }

    static String move_right(String a, int from)
    {
        return a.substring(0, from)+" "+a.substring(from);  
    }


    static boolean taken(int character, int position)
    { return map[character][position]; }

    static void take(char character, int position)
    {
        //System.out.println("taking "+String.valueOf(character)+" at "+position+" (char_index-"+(character-((int)'a'))+")");
        map[character-((int)'a')][position]=true;
    }

    static int max_size(Stack stack)
    {
        int max=0;
        while(!stack.isEmpty())
        {
            String s = stack.pop();
            if(s.length()>max) max=s.length();
        }

        return max;
    }

}