Tengo un framework PHP versionado con GIT y estoy planeando varios cambios (drásticos) en su núcleo.

Lo que quiero hacer es comenzar a trabajar en el nuevo núcleo en una nueva rama, pero como este cambio puede requerir una reestructuración en el sistema de archivos, me gustaría comenzar esta nueva rama de la manera más limpia posible.

Quiero que la rama limpia se incluya solo con los archivos principales. Cuando estoy terminando mis cambios, quiero agregar el resto de los módulos del marco al directorio de trabajo uno por uno, pero mantengo la capacidad de fusionar si hago cambios en el maestro.

¿Cómo puedo hacer eso?