Eu tenho um framework PHP versionado com o GIT e estou planejando várias mudanças (drásticas) em seu núcleo.

O que eu quero fazer é começar a trabalhar no novo núcleo em uma nova ramificação, mas como essa alteração pode exigir alguma reestruturação no sistema de arquivos também, gostaria de iniciar essa nova ramificação da forma mais limpa possível.

Eu quero o ramo limpo para incluir apenas com os arquivos principais. Ao terminar minhas alterações, quero adicionar o restante dos módulos da estrutura ao diretório de trabalho, um por um, mas manter a capacidade de mesclar se eu fizer alterações no mestre.

Como eu posso fazer isso?