¿Es posible revisar los subdirectorios de un repositorio en Git?

Imagina que estoy configurando una nueva instalación de WordPress. Crearé dos nuevos directorios para la personalización de mi plugin y tema:

Quiero mantener estos directorios a través de Git. En Subversion, lograría esto teniendotrunk/myplugins/ ytrunk/mytheme/ Directorios y desprotección de subdirectorios. ¿Tiene Git una forma de realizar la misma tarea utilizando un único repositorio?

Podría faltar el bote en algún paradigma de Git, como un usuario de SVN desde hace mucho tiempo con poca exposición a Git.

Editar: Múltiples ramas almacenar contenido diferente es una forma interesante de manejar esto.