htaccess - alojando múltiples dominios en un servidor compartido,

Tengo un sitio1.com como mi sitio principal. Creé dos carpetas en el directorio raíz "site1" & "site2". Usé Htaccess para redirigir el tráfico de site1.com a la carpeta "site1". Site2 funciona también como site2.com usando el directorio "site2".

Ahora, el problema es que el sitio 1 es el principal, puedo visitar el sitio 2 a través de site.com/site2. ¿Qué reescritura puedo usar para ignorar site.com/site2, o mostrar un 404 cuando se visita site1.com/site2 y todavía permitir que funcione site2.com?

Aquí está mi archivo htaccess.

RewriteEngine en Opciones -MultiViews

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?site1.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/site1/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f 
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /site1/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?site1.com$ 
RewriteRule ^(/)?$ site1/index.php [L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d 
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}\.php -f 
RewriteRule ^(.*)$ $1.php

Mi jerarquía de carpetas es

-root
    .htaccess 
    -site1 folder
          - index.php
    -site2 folder
          - index.php

Debido a la configuración del dominio principal de godaddy, aunque cuando visito site.com carga información de la carpeta site1, si visito site1.com/site2, se cargará el sitio 2

Respuestas a la pregunta(2)

Su respuesta a la pregunta