Tengo una cuadrícula 3d con coordenadas

x = linspace(0, Lx, Nx)
y = linspace(0, Ly, Ny)
z = linspace(0, Lz, Nz)

y necesito indexar puntos (es decir, x [i], y [j], z [k]) dentro de algún radio R de una posición (x0, y0, z0). N_i puede ser bastante grande. Puedo hacer un simple bucle para encontrar lo que necesito.

points=[]
i0,j0,k0 = floor( (x0,y0,z0)/grid_spacing )
Nr = (i0,j0,k0)/grid_spacing + 2
for i in range(i0-Nr, i0+Nr):
    for j in range(j0-Nr, j0+Nr):
        for k in range(k0-Nr, k0+Nr):
            if norm(array([i,j,k])*grid_spacing - (x0,y0,k0)) < cutoff:
                points.append((i,j,k))

Pero esto es bastante lento. ¿Hay una forma más natural / rápida de hacer este tipo de operación con numpy?