Manera eficiente de administrar un repositorio git para archivos de configuración locales

Almaceno mis archivos de configuración (~/.bashrc, ~/.emacs, ~/emacs, etc.) en git. La forma en que configuré esto fue simplemente para agregar un repositorio git en el directorio de inicio.

He encontrado que este enfoque tiene algunos problemas:

git gui tarda una eternidad, porque escanea recursivamente todo el directorio de inicio.A veces agrego accidentalmente archivos al repositorio de configuración que debería ir a un nuevo repositorio (creo un nuevo proyecto, por ejemplo, en~/projects/foo, olvida que aún no tiene un repositorio git inicializado, y ejecutagit add bar.xyz en elfoo directorio. Esto resulta en un archivo que se agrega al repositorio de configuración).

No estoy seguro de que sea prudente tener los repositorios git anidados en un directorio que ya tenga un repositorio git, aunque todavía no he encontrado ningún problema fundamental con esto.

¿Existe un mejor enfoque o es una forma estándar en la que las personas almacenan los archivos de configuración locales en git?

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