Tengo algunos archivos que no fueron seguidos en git. Hice algunos cambios y quería cometerlos, pero me di cuenta de que había olvidado registrar primero los archivos no modificados. Así que escondí los archivos, luego agregué las versiones no modificadas.

Luego, cuando aplico el alijo al repositorio, recibo conflictos debido a que los archivos ya se han agregado.

¿Cómo puedo aplicar el alijo y forzar el uso de las versiones en el alijo en lugar de los originales en el repositorio?

Gracias