Estoy usando el paquete knitr y pandoc en R para convertir un archivo .Rmd a PDF. Pandoc está vinculado a un archivo .bib e inserta automáticamente la bibliografía al final del PDF. Las entradas en mi archivo .bib tienen el siguiente aspectohttp://johnmacfarlane.net/pandoc/demo/biblio.bib:

@Book{item1,
        author="John Doe",
        title="First Book",
        year="2005",
        address="Cambridge",
        publisher="Cambridge University Press"
  }

@Article{item2,
         author="John Doe",
         title="Article",
         year="2006",
         journal="Journal of Generic Studies",
         volume="6",
         pages="33-34"
}

Para construir mi bibliografía, estoy usando la siguiente función, tomada de:http://quantifyingmemory.blogspot.co.il/2013/02/reproducible-research-with-r-knitr.html

knitsPDF <- function(name) {
  library(knitr)
  knit(paste0(name, ".Rmd"), encoding = "utf-8")
  system(paste0("pandoc -o ", name, ".pdf ", name, ".md --bibliography /Users/.../Desktop/test.bib --csl /Users/.../Desktop/taylor-and-francis-harvard-x.csl"))
}

El contenido de mi archivo .Rmd es:

This is some text [@item1]

This is more text [@item2]

# References

Y el PDF generado se ve así:

Si trato de insertar un apéndice, las referencias aún se imprimen al final del documento, como esto:

¿Cómo insertar un apéndice después de las referencias?