Я использую пакет knitr и pandoc в R для преобразования файла .Rmd в PDF. Pandoc связан с файлом .bib и автоматически вставляет библиографию в конец файла PDF. Записи в моем файле .bib выглядят следующим образом, взятые изhttp://johnmacfarlane.net/pandoc/demo/biblio.bib:

@Book{item1,
        author="John Doe",
        title="First Book",
        year="2005",
        address="Cambridge",
        publisher="Cambridge University Press"
  }

@Article{item2,
         author="John Doe",
         title="Article",
         year="2006",
         journal="Journal of Generic Studies",
         volume="6",
         pages="33-34"
}

Для построения моей библиографии я использую следующую функцию, взятую из:http://quantifyingmemory.blogspot.co.il/2013/02/reproducible-research-with-r-knitr.html

knitsPDF <- function(name) {
  library(knitr)
  knit(paste0(name, ".Rmd"), encoding = "utf-8")
  system(paste0("pandoc -o ", name, ".pdf ", name, ".md --bibliography /Users/.../Desktop/test.bib --csl /Users/.../Desktop/taylor-and-francis-harvard-x.csl"))
}

Содержимое моего файла .Rmd:

This is some text [@item1]

This is more text [@item2]

# References

И выведенный PDF выглядит так:

Если я пытаюсь вставить приложение, ссылки по-прежнему печатаются в конце документа, например так:

Как вставить приложение после ссылок?