Estoy probando una pequeña variación deesta, excepto que le digo a awk que el delimitador del archivo que se va a dividir según el quinto campo puede ser dos puntos ":" o una pestaña \ t. yo hago elawk -F '[:\t]' parte solo, de hecho imprime el campo correcto de $ 5.

Sin embargo, cuando intento incorporar esto en el comando más grande, devuelve el siguiente error:

                                                             print > f
awk: cmd. line:9:                                            ^ syntax error

Este es el código:

awk -F '[:\t]' '    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
    $5 in num {
        f = "Alignments_" $5 ".sam"        print > f
    } ' Tile_Number_List.txt little.sam

¿Por qué no funciona con la opción -F?