Ich versuche eine kleine Variation vondiese, außer ich sage awk, dass das Trennzeichen der Datei, die basierend auf dem 5. Feld geteilt werden soll, entweder ein Doppelpunkt ":" oder ein Tabulator sein kann. Ich mache dieawk -F '[:\t]' Teil alleine, es gibt tatsächlich das richtige $ 5-Feld aus.

Wenn ich jedoch versuche, dies in den Befehl "bigger" zu integrieren, wird der folgende Fehler zurückgegeben:

                                                             print > f
awk: cmd. line:9:                                            ^ syntax error

Dies ist der Code:

awk -F '[:\t]' '    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
    $5 in num {
        f = "Alignments_" $5 ".sam"        print > f
    } ' Tile_Number_List.txt little.sam

Warum funktioniert es mit der Option -F nicht?