Después de mucho buscar encontré esta pregunta.Cómo crear una aplicación javafx 2.0 MDI. Lo que realmente quería saber es si puedo crear una ventana emergente o una ventana secundaria en la ventana principal utilizando los componentes de JavaFX y Scene Builder para crear la nueva ventana.

Terminé con esto para una ventana emergente modal:

En la clase Principal quería guardar la etapa principal en un campo al que puedo acceder desde mi clase de controlador primario. Entonces, agregué una variable estáticaEscenario a esto y esto en elInicio.Inicio () método:

primaryController.primaryStage = primaryStage;

Este es el método que utiliza un botón en el control primario:

public void OnBtnShowChild(ActionEvent event) {
    MessageBoxController msgBox = new MessageBoxController();
    try {
        msgBox.showMessageBox(primaryStage);
    } catch (Exception e) {
        e.printStackTrace(); 
    }
}

Esta es la clase MessageBoxController que creé con la ayuda de Scene Builder. Tiene el diseño básico de un cuadro emergente estándar que se puede usar para mostrar un icono (ImageView), TextBox (para el texto de su mensaje) y dos botones (para la funcionalidad SÍ / NO). Todavía no estoy seguro de cómo hacer que comunique los resultados de qué botón se presionó de nuevo al controlador principal.

public class MessageBoxController implements Initializable {

@FXML
// fx:id="btnNo"
private Button btnNo; // Value injected by FXMLLoader

@FXML
// fx:id="btnYes"
private Button btnYes; // Value injected by FXMLLoader

@FXML
// fx:id="imgMessage"
private ImageView imgMessage; // Value injected by FXMLLoader

@FXML
// fx:id="txtMessage"
private TextField txtMessage; // Value injected by FXMLLoader

private Stage myParent;
private Stage messageBoxStage;

public void showMessageBox(Stage parentStage) {
    this.myParent = parentStage;

    try {
        messageBoxStage = new Stage();
        AnchorPane page = (AnchorPane) FXMLLoader.load(MessageBoxController.class.getResource("/MessageBox/MessageBoxFXML.fxml"));
        Scene scene = new Scene(page);
        messageBoxStage.setScene(scene);
        messageBoxStage.setTitle("Message Box");
        messageBoxStage.initOwner(this.myParent);
        messageBoxStage.initModality(Modality.WINDOW_MODAL);
        messageBoxStage.show();
    } catch (Exception ex) {
        System.out.println("Exception foundeth in showMessageBox");
        ex.printStackTrace();
    }
}
@Override
public void initialize(URL fxmlFileLocation, ResourceBundle arg1) {
    txtMessage.setText("Howdy");

}

public void OnBtnYes(ActionEvent event) {

}

public void OnBtnNo(ActionEvent event) {

}

}

Y, finalmente, este es el archivo FXML que creé en Scene Builder:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<?import java.lang.*?>
<?import java.net.*?>
<?import javafx.scene.control.*?>
<?import javafx.scene.image.*?>
<?import javafx.scene.layout.*?>
<?import javafx.scene.layout.AnchorPane?>

<AnchorPane id="AnchorPane2" maxHeight="-Infinity" maxWidth="-Infinity" minHeight="-Infinity" minWidth="-Infinity"   
      prefHeight="172.0" prefWidth="524.0" xmlns:fx="http://javafx.com/fxml" fx:controller="MessageBox.MessageBoxController">
  <children>
    <VBox prefHeight="172.0" prefWidth="524.0" styleClass="vboxes" AnchorPane.bottomAnchor="0.0" AnchorPane.leftAnchor="0.0" AnchorPane.rightAnchor="0.0" AnchorPane.topAnchor="0.0">
      <children>
        <HBox alignment="CENTER" prefHeight="109.99990000000253" prefWidth="516.0" spacing="30.0">
          <children>
            <ImageView fx:id="imgMessage" fitHeight="110.0" fitWidth="146.66666666666666" pickOnBounds="true" preserveRatio="true" styleClass="null" />
            <TextField fx:id="txtMessage" editable="false" prefHeight="47.0" prefWidth="325.0" />
          </children>
          <stylesheets>
        <URL value="@MyCSS.css" />
      </stylesheets>
    </HBox>
    <HBox alignment="CENTER" prefHeight="58.0" prefWidth="516.0" spacing="30.0">
      <children>
        <Button fx:id="btnYes" mnemonicParsing="false" onAction="#OnBtnYes" text="Button" />
        <Button fx:id="btnNo" mnemonicParsing="false" onAction="#OnBtnNo" text="Button" />
      </children>
    </HBox>
  </children>
  <stylesheets>
    <URL value="@MyCSS.css" />
  </stylesheets>
</VBox>
</children>
<stylesheets>
<URL value="@MyCSS.css" />
</stylesheets>
</AnchorPane>

Con esto puedo crear una ventana emergente modal, y también quiero crear otras ventanas secundarias para mostrar datos de otras maneras usando diferentes controles. Y, lo más importante, puedo usar Scene Builder para crear el diseño.

¿Qué piensas? ¿Es esta una buena manera de hacer esto hasta que agreguen soporte real en Java 8 y JavaFX 8?