Quiero escribir una función que tenga como argumentos los nombres de los dos archivos y que copie el contenido del primer archivo al segundo.

Hasta ahora escribí una función que lee de un archivo:

(defun readFile (name)
 (let ((in (open name)))
  (format t "~a~%" (read-line in))
   (close in)))

Y una función que escribe una cadena en un archivo:

(defun writeFile (name content)
(with-open-file (stream name
    :direction :output
    :if-exists :overwrite
    :if-does-not-exist :create)
(format stream content)))

Siguiendo las instrucciones de Savantes, volví a escribir la función y así es como se ve:

(defun read-write-to-file (input-file output-file)
(WITH-OPEN-FILE (output-stream output-file
         :direction :output
         :if-exists :new-version
         :if-does-not-exist :create)
  (WITH-OPEN-FILE (input-stream input-file
                 :direction :input)
        (FORMAT output-stream "~a" (READ input-stream nil 'eof))
)))

Ahora el único problema es que no lee todo el archivo.