He investigado y encontrado unexplicación y código de muestra en cuanto a cómo usar Spring data jpa con múltiples fuentes de datos, lo que se refiere a la configuración de múltiples jpa: repositorios en la configuración xml de la siguiente manera:

<jpa:repositories base-package="org.springframework.data.jpa.repository.sample"
    entity-manager-factory-ref="entityManagerFactory">
    <repository:exclude-filter type="assignable" expression="org.springframework.data.jpa.repository.sample.AuditableUserRepository" />
</jpa:repositories>
<jpa:repositories base-package="org.springframework.data.jpa.repository.sample"
    entity-manager-factory-ref="entityManagerFactory-2"
    transaction-manager-ref="transactionManager-2">
    <repository:include-filter type="assignable" expression="org.springframework.data.jpa.repository.sample.AuditableUserRepository" />
</jpa:repositories>

¿Cómo declararía las dos configuraciones de jpa: repositorios anteriores utilizando la configuración de java y la anotación @EnableJpaRepositories?

La anotación parece admitir solo un conjunto de atributos (es decir, solo para un jpa: repositorio) y no es posible declarar la anotación varias veces.