R iGraph Heatmap en vértice
Soy bastante nuevo en R y estoy atascado en una pregunta. ¿Sería posible imprimir un mapa de calor en un vértice eniGraph
? Sé que puedo hacer un cuadrado o círculo de color. ¿Pero sería posible un pequeño mapa de calor? Este es el código que dibuja mi gráfica actual:
# create graph
graph <- graph.data.frame(network[,1:2])
vertex_names <- get.vertex.attribute(graph,"name")
# define node attributes
V(graph)$label.font <- 1
V(graph)$label.font[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- 2
V(graph)$label.font[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- 2
V(graph)$label <- element_types[vertex_names,"label"]
V(graph)$color <- element_types[vertex_names,"color"]
V(graph)$size <- as.integer(element_types[vertex_names,"size"]*20)
V(graph)$label.cex <- element_types[vertex_names,"weight"]
V(graph)$frame.color <- "gray"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- "white"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PATHWAY")] <- "white"
V(graph)$frame.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRODUCTS")] <- "white"
V(graph)$frame.width <- 10
V(graph)$shape <- "square"
V(graph)$shape[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- "circle"
V(graph)$label.color <- "black"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PRIMARIES")] <- "darkred"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="PATHWAY")] <- "darkgreen"
V(graph)$label.color[which(element_types[vertex_names,"type"]=="REACTION")] <- "darkorange3"
E(graph)$color <- "red"
E(graph)$color[which(network[,3]=="out")] <- "blue"
E(graph)$color[which(network[,3]=="external")] <- "darkgreen"
E(graph)$arrow.size <- 0.5
layout <- layout.auto(graph)
plot.igraph(graph,layout=layout,main=pathways[pathway_id,"COMMON-NAME"])
Además, tengo matrices en una lista que se pueden dibujar en un mapa de calor. Estas matrices se ven así:
[[1]]
TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,] 1 0 0 1
[2,] 3 0 2 1
[3,] 5 0 2 3
[4,] 1 0 0 1
[5,] 7 0 4 3
[6,] 3 0 3 0
[7,] 4 0 1 3
[8,] 3 0 2 1
[[2]]
TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,] 3 0 1 2
[2,] 0 0 0 0
[[3]]
TotalSNP HighSNP ModerateSNP PromotorSNP
[1,] 0 0 0 0
[2,] 0 0 0 0
¿Alguien sabe si es posible dibujar estas matrices como mapas de calor en el vértice?
Data de muestra:
FinalList <- list(structure(c(1, 3, 5, 1, 7, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 2, 2, 0, 4, 3, 1, 2, 1, 1, 3, 1, 3, 0, 3, 1), .Dim = c(8L,
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP",
"PromotorSNP"))), structure(c(3, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0), .Dim = c(2L,
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP",
"PromotorSNP"))), structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(2L,
4L), .Dimnames = list(NULL, c("TotalSNP", "HighSNP", "ModerateSNP",
"PromotorSNP"))))
El tamaño de las matrices puede variar. Siempre son 4 columnas, pero el número de filas puede variar de 0 a 10 filas.