Eclipse depurando con entrada desde consola

Estoy intentando depurar un programa que escribí en C ++ usando Eclipse. El programa incluye obtener información del usuario, pero cuando ingreso la entrada a la consola, nunca continuará ejecutando el código (seguirá solicitando información). No puedo depurar sin arreglar esto y agradecería alguna ayuda. Gracias.

El código se atasca en el bucle while fgets:

int main(int argc, const char**argv) {
    FILE* inputFile = NULL;

    setlocale(LC_ALL, "");
    if(argc == 2){
        inputFile = fopen(argv[1], "r");
        if (inputFile == NULL){
            printf("Problem opening file %s, make sure correct path name is given.\n", argv[1]);
            return 0;
        }
    }
    else {
        inputFile = stdin;
    }

    char buffer[MAX_STRING_INPUT_SIZE];
    // Reading commands
    while ( fgets(buffer, MAX_STRING_INPUT_SIZE, inputFile) != NULL ) {
        fflush(stdout);
        if ( parser(buffer) == error ){
            printf("ERROR\n");
            break;
        }
    };
    fclose(inputFile);
    return 0;
}

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