Estoy haciendo PCA y me gustaría trazar el primer componente principal frente al segundo en R:

pca<-princomp(~.,data=data, na.action=na.omit
plot(pca$scores[,1],pca$scores[,2])

o tal vez varios componentes principales:

pairs(pca$scores[,1:4])

Sin embargo los puntos son negros. ¿Cómo agrego apropiadamente el color a los gráficos? ¿Cuántos colores necesito? ¿Uno para cada componente principal que estoy tramando? ¿O una para cada fila en mi matriz de datos?

Gracias

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Mis datos se ven así:

> data[1:4,1:4]
                          patient1                     patient2                     patient3                     patient4
2'-PDE                    0.0153750                    0.4669375                   -0.0295625                    0.7919375
7A5                       2.4105000                    0.3635000                    1.8550000                    1.4080000
A1BG                      0.9493333                    0.2798333                    0.7486667                    0.7500000
A2M                       0.2420000                    1.0385000                    1.1605000                    1.6777500

Entonces, ¿sería esto apropiado?

plot(pca$scores[,1:4], pch=20, col=rainbow(dim(data)[1]))