Esta pregunta ya tiene una respuesta aquí:

Tengo un repositorio estándar para mi proyecto

/home/repo/.git  

este es el repositorio que cloné para obtener el código base para los nuevos sitios web, es decir, cloné esto para

/var/www/site1

También tengo varios módulos que he creado como repositorios, algunos sitios web usarán estos módulos y otros no.

/home/modules/mod1/.git  
/home/modules/mod2/.git

¿hay alguna manera de poder clonar esos módulos en la misma carpeta del sitio?

/var/www/site1  

los directorios del módulo están configurados con la misma estructura de carpetas que el repositorio maestro, cuando los cloné en la parte superior del clon del repositorio maestro, deberían fusionar / reemplazar los archivos existentes. (raramente cualquier archivo se superpone)

mi solución óptima sería nombrar el repositorio de alguna manera para que cuando despliegue un nuevo sitio haga algo como:

cd /var/www/newsite  
git clone /home/repo/.git  
git clone /home/modules/mod1/.git  
git clone /home/moudles/mod2/.git  

y cuando tengo actualizaciones que hacer en el sitio, podría hacer una extracción como:

git pull origin master  
git pull mod1  
git pull mod2  

o preferiblemente:

git pull origin master 

También llamaría a los tirones demod1 ymod2.

He estado mirando submódulos y ramas de git, pero no puedo averiguar si son lo que necesito.