XDocument escribe xml duplicado

Tengo un método que carga XML a un XDocument y modifica sus elementos y luego los guarda. Pero cuando lo recargue. Tengo este error

Declaración XML inesperada. La declaración XML debe ser el primer nodo del documento, y no se permite que aparezcan caracteres de espacio en blanco delante de él.

Reviso el XML y veo que el XDocument no guardó el cambio, pero creó un duplicado y lo guardó.

Guarda el anterior y el nuevo como este ejemplo xml:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Ungdungs>
  <Ungdung>
    <Name>HERE City Lens</Name>
    <Id>b0a0ac22-cf9e-45ba-8120-815450e2fd71</Id>
    <Path>/Icon/herecitylens.png</Path>
    <Version>Unknown</Version>
    <Category>HERE</Category>
    <Date>Uknown</Date>
  </Ungdung>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Ungdungs>
  <Ungdung>
    <Name>HERE City Lens</Name>
    <Id>b0a0ac22-cf9e-45ba-8120-815450e2fd71</Id>
    <Path>/Icon/herecitylens.png</Path>
    <Version>1.0.0.0</Version>
    <Category>HERE</Category>
    <Date>Uknown</Date>
  </Ungdung>

Aquí el código que utilicé para modificar y guardar XML:

using (Stream stream = storage.OpenFile("APPSDATA.xml", FileMode.Open, FileAccess.ReadWrite))
                {
                    //var xdoc = XDocument.Load("APPSDATA.xml");
                    var xdoc = XDocument.Load(stream, LoadOptions.None);
                    var listapp = from c in xdoc.Descendants("Ungdung") select c;

                    foreach (XElement app in listapp)
                    {
                        var xElement = app.Element("Name");
                        if (xElement != null)
                            progressIndicator.Text = "Checking " + xElement.Value + "...";
                        var element = app.Element("Id");
                        if (element != null)
                        {
                            var appId = element.Value;
                            var appVersion = await GetAppsVersion(appId);
                            app.Element("Version").Value = appVersion.ToString();
                        }
                    }

                    xdoc.Save(stream);
                }

Como puedó resolver esté problema ?

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