En la versión más reciente de ADT (versión 20, versión 3), dicen que es posible hacer que el archivo de manifiesto de las bibliotecas se pueda fusionar con los proyectos que los usan:

Fusión automática de los archivos de manifiesto del proyecto de biblioteca en el manifiesto del proyecto incluido. Habilitar con la propiedad manifestmerger.enabled.

¿Cómo y dónde lo uso? No puedo ver el contenido ayudar a ayudar conmigo en esto en cualquier lugar.