Na versão mais recente do ADT (versão 20, pré-visualização 3), eles dizem que é possível fazer com que o arquivo de manifesto das bibliotecas se torne mesclável com projetos que os utilizam:

Mesclagem automática de arquivos de manifesto do projeto de biblioteca no manifesto do projeto incluído. Ative com a propriedade manifestmerger.enabled.

Como e onde eu uso? Não consigo ver o conteúdo ajudando comigo nesse lugar.