В продолжение этой темы:

Смешивание .NET 3.5 с 4 / 4.5 сборками в одном решении / проекте

Я нашел обходной путь:

http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/clr/thread/36b1a209-55d5-4323-91dc-0919ba2e1d03/

Что он в основном делает, компилирует моё решение и определяет каждый проект под каким CLR для запуска.

Кто-нибудь видит недостаток в этом?

Он строит проекты на моем стороннем API, который должен работать на .net 3.5, и я пишу в его App.config для работы с CLR 2.0, а не 4.0

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Мое основное приложение использует функции .net 4.5 и C # 5. Мой сторонний API работает на дочернем процессе (я начинаю с основного), и этот процесс будет подключаться к API, который должен быть на 3.5 и CLR2. Так что я определенность определенно, чтобы работать как CLR2 ..