Я использовал Knitr через R-Studio, и думаю, что это довольно аккуратно. У меня есть небольшая проблема, хотя. Когда я отправляю файл в R-Chunk, вывод knitr включает в себя следующие внешние комментарии:

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

Я пытался установить параметры R-чанка по-разному, но до сих поркажется, чтобы избежать проблемы:

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

Есть ли способ закомментировать эти сообщения?