даю пакет R, который использует Rcpp и ссылки на сторонний общий объект (libbarraopt.so) (который также ссылается на другие общие объекты, такие какliboptsrvr.so в своем собственном каталоге). Чтобы убедиться, что он может найти те общие объекты, на которые он ссылается, я поместил следующие переменные в~/.Renviron:

BARRA_OPS_HOME=${HOME}/bin/BarraOptimizer8.5

В пакете я создаю следующееsrc/Makevars:

BARRA_LIB=$(BARRA_OPS_HOME)/lib/intel64
BARRA_INCLUDE=$(BARRA_OPS_HOME)/include
PKG_CXXFLAGS=-I$(BARRA_INCLUDE)
PKG_CFLAGS=-I$(BARRA_INCLUDE)
PKG_LIBS=-L$(BARRA_LIB) -Wl,-R,$(BARRA_LIB) -lbarraopt

Под Ubuntu 16.04 я могу без проблем собрать, загрузить и использовать пакет успешно. Однако, когда я тестирую точно такой же пакет при обновлении ОС до 17.10, пакет может быть собран, но не может быть загружен, говоря:

g++ -std=gnu++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/renkun/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include"   -I/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
** libs
g++ -std=gnu++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/renkun/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include"   -I/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c barraopt.cpp -o barraopt.o
g++ -std=gnu++11 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o barraopt.so RcppExports.o barraopt.o -L/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64 -Wl,-R,/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64 -lbarraopt -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /tmp/Rtmpvbb6Io/devtools_install_42a342a07f84/barraopt/libs
* DONE (barraopt)
Error in dyn.load(dllfile) : 
  unable to load shared object '/home/renkun/Workspaces/barraopt/src/barraopt.so':
  liboptsrvr.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: suppressPackageStartupMessages ... <Anonymous> -> load_all -> load_dll -> library.dynam2 -> dyn.load
Execution halted

Exited with status 1.

Кажется, что-Wl,-rpath здесь неэффективно.

Под машиной с Ubuntu 16.04,ldd src/barraopt.so показывает, что все динамические ссылки исправлены разрешены. (BARRA_OPS_HOME = /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5)

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffc89a16000)
libbarraopt.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libbarraopt.so (0x00007f85dae49000)
libimf.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libimf.so (0x00007f85da97f000)
libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f85da346000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f85d9fc4000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f85d9dae000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f85d99e3000)
liboptsrvr.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/liboptsrvr.so (0x00007f85d7b10000)
libopsproto.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libopsproto.so (0x00007f85d77a1000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f85d7497000)
libintlc.so.5 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libintlc.so.5 (0x00007f85d7249000)
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f85d6fe8000)
libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f85d6da1000)
libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f85d6b31000)
liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f85d690f000)
libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f85d66fe000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f85d64e4000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f85d62dc000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f85d60d7000)
libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f85d5eb5000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f85d5c98000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055fb75088000)
libifcore.so.5 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libifcore.so.5 (0x00007f85d5961000)
libifport.so.5 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libifport.so.5 (0x00007f85d5732000)
libsvml.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libsvml.so (0x00007f85d4e6d000)
libmosek64.so.7.0 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libmosek64.so.7.0 (0x00007f85d3c63000)
libiomp5.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libiomp5.so (0x00007f85d396b000)
libprotobuf.so.6 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libprotobuf.so.6 (0x00007f85d3668000)
libbridge_common.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libbridge_common.so (0x00007f85d3417000)
libsharc_xmlxproto.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libsharc_xmlxproto.so (0x00007f85d31a4000)
libboost_thread.so.1.49.0 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libboost_thread.so.1.49.0 (0x00007f85d2f8a000)
libopenblas.so.0 => /usr/lib/libopenblas.so.0 (0x00007f85d0ef5000)
libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f85d0ccc000)
libxerces-c-3.1.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libxerces-c-3.1.so (0x00007f85d07c4000)
libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007f85d0499000)
libnsl.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libnsl.so.1 (0x00007f85d027f000)
libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f85d0040000)

Тем не менее, с тем же источником, под Ubuntu 17.10,ldd показывает, что общие объектыlibbarraopt.so ссылки на не разрешены, хотя-Wl,-rpath защищен :(BARRA_OPS_HOME = /home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5)

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffe067f5000)
libbarraopt.so => /home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libbarraopt.so (0x00007f3dc5f0c000)
libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f3dc58e4000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f3dc555e000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f3dc5208000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f3dc4ff1000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f3dc4c11000)
liboptsrvr.so => not found
libopsproto.so => not found
libblas.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 (0x00007f3dc49b6000)
libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f3dc4770000)
libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f3dc44fe000)
liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f3dc42d8000)
libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f3dc40c8000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f3dc3eab000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f3dc3ca3000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f3dc3a9f000)
libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f3dc3870000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f3dc3651000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f3dc6526000)
libopenblas.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 (0x00007f3dc13ab000)
libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f3dc1182000)
libgfortran.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4 (0x00007f3dc0da3000)
libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f3dc0b63000)

Похоже толькоlibbarraopt.so связан с правильным путем, но общие объекты, на которые он ссылается, отсутствуют.

Мне интересно, что может быть не так с моими конфигурациями сборки, которые ломаются под цепочкой инструментов, поставляемой 17.10. Хотя с использованием глобальной конфигурации, такой какldconfig решил бы такую ​​проблему, я предпочитаю не потому, что некоторые.so это зависит от версии ОС. Я бы предпочел использовать локально настроенную версию, не затрагивая глобальную конфигурацию.