После обновления Android Studio до версии 2.2 я также получил обновление для Gradle Plugin (это было 2.1.3):

...
classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.2.0'
...

Я вижу файл APK без выравнивания, но другие варианты больше не генерируются. Я попытался включить выравнивание по zip:

buildTypes {
        release {
            minifyEnabled false
            zipAlignEnabled true
            proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
            signingConfig signingConfigs.release
        }
        debug {
            applicationIdSuffix '.debug'
        }
}  

но ничего не меняется. Есть идеи?

Я "решил", возвращаясь к

classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.1.3'

на уровне проектаbuild.gradle.

РЕДАКТИРОВАТЬ (20160922):

Спасибо Фейдеру Флорезу за его ответ. Это правильно, среда сборки теперь выдает только один apk (https://code.google.com/p/android/issues/detail?id=212591).

Но с помощью кода (который переименовывает де выходное имя файла, используяVERSION CODE а такжеVERSION NAME):

android.applicationVariants.all { variant ->
    variant.outputs.each { output ->
        def padVersionCode = variant.versionCode.toString();
        padVersionCode = padVersionCode.padLeft(5, '0')
        def newApkName = "${output.baseName}_${padVersionCode}-${variant.versionName}"

        if (!output.zipAlign)
            newApkName = newApkName + "_unaligned"

        newApkName = newApkName + ".apk"
        output.outputFile = new File(output.outputFile.parent, newApkName)
    }
}

Я получаю «_unaligned» добавленный к имени выходного файла, так что я предполагаю, чтоoutput.zipAlign являетсяfalse.

Так действительно ли выходной файл выровнен?

РЕДАКТИРОВАТЬ (20161013)

Благодаря окончанию 0421 и предлагаем проверить apk с помощью инструмента сборки:

zipalign -c -v 4 путь / имя_файла

СейчасЯ теперь, что APK генерируется правильно и команда zipalign syays:

Проверка успешна