Depois de atualizar o Android Studio para a versão 2.2, também recebi uma atualização para o Gradle Plugin (era 2.1.3):

...
classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.2.0'
...

Vejo o arquivo APK de variante desalinhada, mas outras variantes não são mais geradas. Tentei ativar o alinhamento zip:

buildTypes {
        release {
            minifyEnabled false
            zipAlignEnabled true
            proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
            signingConfig signingConfigs.release
        }
        debug {
            applicationIdSuffix '.debug'
        }
}  

mas nada muda. Alguma ideia?

"Resolvi" voltar a

classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.1.3'

no nível do projetobuild.gradle.

EDIT (20160922):

Agradecimentos a Fayder Florez por sua resposta. Está correto, o ambiente de compilação agora produz apenas um apk (https://code.google.com/p/android/issues/detail?id=212591)

Mas usando por código (que renomeia o nome do arquivo de saída usandoVERSION CODE eVERSION NAME):

android.applicationVariants.all { variant ->
    variant.outputs.each { output ->
        def padVersionCode = variant.versionCode.toString();
        padVersionCode = padVersionCode.padLeft(5, '0')
        def newApkName = "${output.baseName}_${padVersionCode}-${variant.versionName}"

        if (!output.zipAlign)
            newApkName = newApkName + "_unaligned"

        newApkName = newApkName + ".apk"
        output.outputFile = new File(output.outputFile.parent, newApkName)
    }
}

Eu recebo o "_unaligned" anexado ao nome do arquivo de saída, então suponho queoutput.zipAlign éfalse.

Então, o arquivo de saída está realmente alinhado?

EDIT (20161013)

Graças a final0421 e é recomendável verificar o apk usando a ferramenta de construção:

zipalign -c -v 4 caminho / fileName

AgoraAgora que o APK é gerado corretamente e o comando zipalign diz:

Verificação bem sucedida