Я хочу использовать KDTree scipy.spatial, чтобы найти пары ближайших соседей в двумерном массиве (по сути, это список списков, размер вложенного списка которых равен 2). Я генерирую свой список списков, отправляю его в массив numpy и затем создаю экземпляр KDTree. Однако всякий раз, когда я пытаюсь выполнить запрос, я неизбежно получаю странные ответы. Например, когда я печатаю:

tree = KDTree(array)
nearest = tree.query(np.array[1,1])

ближайшие распечатки (0,0, 0). В настоящее время я использую массив, который в основном у = х для диапазона (1,50), поэтому я ожидаю, что я должен получить ближайший сосед (2,2) для (1,1)

Что я делаю не так, скучные гуру?

РЕДАКТИРОВАТЬ: В качестве альтернативы, если кто-то может указать мне пакет KDTree для Python, который они использовали для поиска ближайшего соседа в данной точке, я хотел бы услышать об этом.