Quiero usar KDTree de scipy.spatial para encontrar pares de vecinos más cercanos en una matriz bidimensional (esencialmente una lista de listas donde la dimensión de la lista anidada es 2). Genero mi lista de listas, la canalizo en la matriz de numpy y luego creo la instancia de KDTree. Sin embargo, cada vez que intento ejecutar "query" en él, inevitablemente obtengo respuestas extrañas. Por ejemplo, cuando escribo:

tree = KDTree(array)
nearest = tree.query(np.array[1,1])

impresiones más cercanas (0.0, 0). Actualmente, estoy usando una matriz que es básicamente y = x para el rango (1,50), así que espero obtener el vecino más cercano de (2,2) para (1,1)

¿Qué estoy haciendo mal, scipy gurus?

EDITAR: Alternativamente, si alguien puede señalarme un paquete KDTree para Python que hayan utilizado para las búsquedas de vecinos más cercanos de un punto determinado, me encantaría saberlo.