У меня есть приложение VB, которое использует некоторые глобальные переменные для хранения данных, которые требуются для нескольких форм и модулей, это прекрасно работает. Однако если пользователь открывает другую рабочую книгу с тем же приложением VBA, он получает доступ (и изменяет) к одним и тем же общедоступным переменным.

Как получить глобальные переменные уровня книги или, если это невозможно, каков наилучший способ хранения данных, доступных для всех форм и модулей, но только внутри конкретной книги?

Это надстройка VBA, а глобальные переменные объявляются в стандартном модуле.