Я уже читалэтот а такжеэтот вопросы. Но я не понял, почему приведенного ниже кода недостаточно. Это просто работает. Нужно ли мне еще оператор для установки rootViewController дляLoginViewController? Разве это уже не установлено раскадровкой?

func application(application: UIApplication, willFinishLaunchingWithOptions launchOptions: [NSObject : AnyObject]?) -> Bool {
    if Settings.loggedIn {
        let mainStoryboard = UIStoryboard(name: "Main", bundle: NSBundle.mainBundle())
        let mainViewController = mainStoryboard.instantiateViewControllerWithIdentifier("MainViewController")
        self.window?.rootViewController = mainViewController
        self.window?.makeKeyAndVisible()
    }

    return true
}

В LoginController, я должен установить rootController изAppDelegate? Почему бы не выполнить Сегу?

@IBAction func login(sender: AnyObject) {
    performSegueWithIdentifier("loginToMainSegue", sender: nil)    
}

Также почему бы не выполнить переход к выходу из системы?

@IBAction func logout(sender: AnyObject) {
    performSegueWithIdentifier("MainToLoginSegue", sender: nil)    
}