соответствие нечеткой строки с помощью grep
Я пытаюсь сопоставить строки в файле, содержащем строку, скажемACTGGGTAAACTA
, Если я сделаю
grep "ACTGGGTAAACTA" file
Это дает мне строки, которые имеют точные совпадения. Есть ли способ разрешить определенное количество несоответствий (замен, вставок или удалений)? Например, я ищу последовательности
До 3 разрешенных замен, таких как "AGTGGGTAACCAA" и т. Д.
Вставки / удаления (имеющие частичное совпадение, например «ACTGGGAAAATAAACTA» или «ACTAAACTA»)